El Kondó o Pabellón dorado ha sido considerado como la construcción de mayor importancia, no sólo porque en él se guarda la tríade del Shaka Buda, sino especialmente por el desarrollo de su estructura. Esta construcción rectangular, cuya fachada mide 18,4 metros y los costados 15,2 metros, está apoyada sobre un basamento de piedra y se eleva sobre veintiocho pilares que soportan la estructura y forman cinco tramos sobre el lado mayor y cuatro sobre el menor. El acceso se realiza a través de cuatro escaleras que conducen a otras tantas puertas colocadas en el centro de cada lado. Exteriormente su aspecto es de extremada sobriedad y hasta cierto punto parece irradiar una seguridad por las cosas de este mundo; pero al mismo tiempo armoniza con la elevación y la soltura de la pagoda colocada a su lado que daría la impresión de aludir al cielo. El Kondô, a pesar de sus líneas severas y de sus dos techos principales, tiene debajo del primero un alero que cubre el pasaje exterior (mokoshi), que a juicio de algunos críticos le quita esa magnificencia que posee, por ejemplo, el Chûmon. Puede afirmarse, sin embargo, que la fortaleza de la construcción no se resiente en ningún momento por esta línea y, por el contrario, esta división de los planos horizontales quiebra la posible monotonía de los espacios iguales, ofreciendo una variante que aumenta su efecto majestuoso. El Kondô une a esta severidad de estilo un perfecto ensamblamiento entre los puntales y sostenes del techo; además, el denso éntasis de los pilares recuerda la solidez del dórico. Esta influencia, que se advierte a través del fuste y que hace pensar en el contorno de la columna dórica, podría provenir de Gandhara; asimismo el capitel (kumimono) está unido a la cartera (hijiki) y el cojinete (to), aumentando de esa manera el firme apoyo de la construcción. La forma del techo superior, de elegantes líneas y una leve inclinación en las puntas, pertenece al estilo irimoya-zukuri.

El interior es aún más simple en su estructura: un espacio central domina las entradas y se eleva mediante una plataforma que sostiene las imágenes del culto. Una pequeña división de madera separa este espacio de las columnas y el corredor, mientras que el recinto se halla cubierto por un cielorraso enrejado. Pero ese interior, al que los siglos han gastado tiernamente, conserva una atmósfera de quietud, de silencio, una especie de evocación apenas sugerida de la misericordia budista. En el Hôryû-ji puede, en general, encontrarse esa suave antigüedad y dulce austericlad que se intuye en Asís y que no consigue advertirse en Nikko o San Pedro, a pesar de su magnificencia. El Kondô ha sido pintado asimismo con colores severos; presumiblemente la madera y el yeso blanco eran considerados como principales efectos, y el interior dorado habría justificado el nombre bajo el cual se le conoce. Sus puertas de madera de ciprés son lisas y planas y realizadas con un solo trozo. Infortunadamente la construcción, que ya en el siglo VII fue destruida y luego reconstruida, sufrió en 1949 un principio de incendio que dañó los murales, pilares y parte del cielorraso. Por fortuna los daños se circunscribieron a ese lugar que fue rápidamente restaurado.

El Gojûnotô o pagoda de cinco pisos remplaza la stupa india y, como aquélla, contiene el Busshari o reliquias -cenizas- del Buda. Sus cinco pisos aluden individualmente a la tierra, el agua, el fuego, el viento y el cielo. Mide 10,8 metros de lado y 32,5 de altura. En el Japón existen asimismo pagodas de tres, siete y trece pisos, y la simbolización del monte Meru se identificaba más en la de siete pisos, no obstante lo cual la más común es la de cinco. Indudablemente, esta construcción es la más atractiva y tal vez la más representativa de la arquitectura chino-japonesa. Los cinco techos van disminuyendo de tamaño de acuerdo con la altura, y el último está rematado por una especie de flecha metálica u ornamento que corona el edificio de manera simbólica. Este ornamento tiene un zócalo que representa la "copa de rocío", compuesto de una forma cuadrangular, una forma de cuenco invertido, un cáliz ("flor-recipiente") de donde surgen los nueve anillos o parasoles (sôrin) coronados por placas caladas en forma de llamas (suien) y dos esferas llamadas "carruaje de dragón" y "perla preciosa" -también se la conoce como la preciosa joya de la verdad budista, brillando por sobre todas las cosas-. La forma en llamas (suien) sería utilizada a la manera de amuleto para proteger la pagoda de las llamas. En la base de este ornamento existen dos pequeños brazos que representan guadañas u hoces, ubicadas también como amuletos contra los espíritus malos. Lo verdaderamente singular del Gojûnotô es el espacio propuesto entre los tejados, conseguido mediante un cuerpo central mucho más pequeño que la base, que asimismo se alza como una aguja. El hecho mismo de que la pagoda no tenga una función práctica -no existe un recinto funcional y los balcones tampoco se utilizan- aumentan su carácter simbólico y su sugestión: se la considera como una representación del universo y se halla emplazada en un basamento que indica la tierra, mientras que el apoyo central identifica el eje del mundo, mediante el cual se une la tierra al cielo. Los nueve parasoles (sorin) son, además, el símbolo de la majestad del Buda como entidad Suprema. Rigurosamente construida, la pagoda está realizada con minuciosidad, cuidando que el formidable ensamblamiento de las maderas no interfiera en el ritmo ascendente ni tampoco en la gracia de su contorno contra el cielo.